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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
03/03/2017 |
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Data da última atualização: |
03/03/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S. |
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Afiliação: |
MIGUEL HENRIQUE DE ALMEIDA SANTANA; GERSON ANTÔNIO OLIVEIRA JUNIOR; ALINE SILVA MELLO CESAR; MATEUS CASTELANI FREUA; RODRIGO DA COSTA GOMES, CNPGC; SAULO DA LUZ E SILVA; PAULO ROBERTO LEME; HEIDGE FUKUMASU; MINOS ESPERÂNDIO CARVALHO; RICARDO VIEIRA VENTURA; LUIZ LEHMANN COUTINHO; HAJA N. KADARMIDEEN; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ. |
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Título: |
Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Gentics, v. 57, n. 4, p. 495-504, 2016 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV regions (CNVRs) were identified with CNVRuler and a linear regression was used to associate CNVRs and the FCR. Functional annotation of associated genomic regions was performed with the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) and the metabolic pathways were obtained from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). We showed five genomic windows distributed over chromosomes 4, 6, 7, 8, and 24 that explain 12 % of the total genetic variance for FCR, and detected 12 CNVRs (chromosomes 1, 5, 7, 10, and 12) significantly associated [false discovery rate (FDR) < 0.05] with the FCR. Significant genomic regions (GWAS and CNV) harbor candidate genes involved in pathways related to energetic, lipid, and protein metabolism. The metabolic pathways found in this study are related to processes directly connected to feed efficiency in beef cattle. It was observed that, even though different genomic regions and genes were found between the two approaches (GWAS and CNV), the metabolic processes covered were related to each other. Therefore, a combination of the approaches complement each other and lead to a better understanding of the FCR. MenosThe use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV regions (CNVRs) were identified with CNVRuler and a linear regression was used to associate CNVRs and the FCR. Functional annotation of associated genomic regions was performed with the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) and the metabolic pathways were obtained from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). We showed five genomic windows distributed over chromosomes 4, 6, 7, 8, and 24 that explain 12 % of the total genetic variance for FCR, and detected 12 CNVRs (chromosomes 1, 5, 7, 10, and 12) significantly associated [false discovery rate (FDR) < 0.05] with the FCR. Significant genomic regions (GWAS and CNV) harbor candidate genes involved in pathways related to energetic, lipid,... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Nellore cattle. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Cucumber necrosis virus; Feed conversion; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/157039/1/Copy-number-variations-and-genome-wide.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Registros recuperados : 119 | |
| 2. |  | ÁVILA, B. P.; REAL, I. M. DA L.; SOARES, M. M.; GUARINO, E. de S. G.; GULARTE, M. A. Análise do perfil de consumidores de pinhão por meio de método exploratório. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE AGROPECUÁRIA SUSTENTÁVEL, 10., 2020; CONGRESSO INTERNACIONAL DE AGROPECUÁRIA SUSTENTÁVEL, 7., 2020. Anais. 4 p. SIMBRAS. Evento on-line, 16 a 18 de setembro de 2020.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 4. | | REAL, I. M. da L.; HENZEL, A. B. D.; BIERHALS, D. F.; SOARES, M. M.; BESKOW, G. T.; GUARINO, E. de S. G. Análises biométricas de sementes de Araucaria angustifolia (Bertol.) Kuntze em população de São Lourenço do Sul, RS In: SEMANA INTEGRADA UFPEL, 5.; CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 28., 2019, Pelotas. [Anais]. 4 p. ENPOS.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 5. | | SOARES, M. M.; HENZEL, A. B. D.; BIERHALS, D.; GUARINO, E. de S. G.; MIURA, A. K. Arranjos agroflorestais recentemente implantados no Rio Grande do Sul, Brasil. Cadernos de Agroecologia, v. 15, n. 2, 2020. 6 p. Edição dos Anais do XI Congresso Brasileiro de Agroecologia, São Cristóvão, Sergipe, 2019. Ecologia de Saberes: Ciência, Cultura e Arte na Democratização dos Sistemas Agroalimentares.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 6. | | FREITAS, T. C. de; GOMES, G. C.; MOLINA, A. R.; GUARINO, E. de S. G.; ISERHARD, C. A.; BELTRAME, R. Artificial perches increase bird-mediated seed rain in agricultural fallow area in southern Brazil. Web Ecology, v. 22, n. 2, p. 59-74, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 8. | | SOUSA, L. P. de; LUCCHESE, O. A.; GOMES, G. C.; KAISER, M. F.; BESKOW, G. T.; BIERHALS, D. F.; SOARES, M. M.; HENZEL, A. B. D.; REAL, I. M. da L.; FREITAS, T. C. de; MOLINA, A. R.; GUARINO, E. de S. G.; MIURA, A. K.; NORONHA, A.; PORAZZI, C. C.; SARTORI, C. O.; REIS, C. U.; ANTUNES, H. R. F.; CAMARGO, A. R. de. Árvores nativas para sistemas agrícolas sustentáveis e para restauração ecológica na região Noroeste do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2022. (Embrapa Clima Temperado. Documentos, 525). ODS 15.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 9. | | RAMOS, F. N.; MORTARA, S. R.; MONALISA-FRANCISCO, N.; ELIAS, J. P. C.; MENINI NETO, L.; FREITAS, L.; KERSTEN, R. de A.; AMORIM, A. M.; MATOS, F. B. de; NUNES-FREITAS, A. F.; ALCANTARA, S.; ALEXANDRE, M. H. N.; ALMEIDA-SCABBIA, R. J. de; ALMEIDA, O. J. G. de; ALVES, F. E.; ALVES, R. M. de O.; ALVIM, F. S.; ANDRADE, A. C. S. de; ANDRADE, S. de; AONA, L. Y. S.; ARAUJO. A. C.; ARAÚJO, K. C. T. de; ARIATI, V.; ASSIS, J. C.; AZEVEDO, C. O. de; BARBOSA, B. F.; BARBOSA, D. E. F.; BARBOSA, F. dos R.; BARROS, F. de; BASILIO, G. A.; BATAGHIN, F. A.; BERED, F.; BIANCHI, J. S.; BLUM, C. T.; BOETLER, C. R.; BONNET, A.; BRANCALION, P. H. S.; BREIER, T. B.; BRION, C. de T.; BUZATTO, C. R.; CABRAL, A.; CADORIN, T. J.; CAGLIONI, E.; CANÊZ, L.; CARDOSO, P. H.; CARVALHO, F. S. de; CARVALHO, R. G.; CATHARINO, E. L. M.; CEBALLOS, S. J.; CEREZINI, M. T.; CÉSAR, R. G.; CESTARI, C.; CHAVES, C. J. N.; CITADINE-ZANETTE, V.; COELHO, L. F. M.; COFFANI-NUNES, J. V.; COLARES, R.; COLLETTA, G. D.; CORRÊA, N. de M.; COSTA, A. F. da; COSTA, G. M. da; COSTA, L. M. S.; COSTA, N. G. S.; COUTO, D. R.; CRISTOFOLINI, C.; CRUZ, A. C. R. da; DEL NERI, L. A.; DI PASQUO, M.; DIAS, A. dos S.; DIAS, L. do C. D.; DISLICH, R.; DUARTE, M. C.; FABRICANTE, J. R.; FARACHE, F. H. A.; FARIA, A. P. G. de; FAXINA, C.; FERREIRA, M. T. M.; FISCHER, E.; FONSECA, C. R.; FONTOURA, T.; FRANCISCO, T. M.; FURTADO, S. G.; GALETTI, M.; GALETTI, M.; GARBIN, M. L.; GASPER, A. L. de; GOETZE, M.; GOMES-DA-SILVA, J.; GONÇALVES, M. F. A.; GONZAGA, D. R.; SILVA, A. C. G. e; GUARALDO, A. de C.; GUARINO, E. de S. G.; GUISLON, A. V.; HUDSON, L. B.; JARDIM, J. G.; JUNGBLUTH, P.; KAESER, S. dos S.; KESSOUS, I. M.; KOCH, N. M.; KUNIYOSHI, Y. S.; LABIAK, P. H.; LAPATE, M. E.; SANTOS, A. C. L.; LEAL, R. L. B.; LEITE, F. S.; LEITMAN, P.; LIBONI, A. P.; LIEBSCH, D.; LINGNER, D. V.; LOMBARDI, J. A.; LUCAS, E.; LUZZI, J. dos R.; MAI, P.; MANIA, L. F.; MANTOVANI, W.; MARAGNI, A. G.; MARQUES, M. C. M.; MARQUEZ, G.; MARTINS, C.; MARTINS, L. do N.; MARTINS, P. L. S. S.; MAZZIERO, F. F. F.; MELO, C. de A.; MELO, M. M. F. de; MENDES, A. F.; MESACASA, L.; MORELLATO, L. P. C.; MORENO, V. de S.; MULLER, A.; MURAKAMI, M. M. da S.; CECCONELLO, E.; NARDY, C.; NERVO, M. H.; NEVES, B.; NOGUEIRA, M. G. C.; NONATO, F. R.; OLIVEIRA-FILHO, A. T. de; OLIVEIRA, C. P. L. de; OVERBECK, G. E.; MARCUSSO, G. M.; PACIENCIA, M. L. B.; PADILHA, P.; PADILHA, P. T.; PEREIRA, A. C. A.; PEREIRA, L. C.; PEREIRA, R. A. S.; PINCHEIRA-ULBRICH, J.; PIRES, J. S. R.; PIZO, M. A.; PÔRTO, K. C.; RATTIS, L.; REIS, J. R. de M.; REIS, S. G. dos; ROCHA-PESSÔA, T. C.; ROCHA, C. F. D.; ROCHA, F. S.; RODRIGUES, A. R. P.; RODRIGUES, R. R.; ROGALSKI, J. M.; ROSANELLI, R. L.; ROSSADO, A.; ROSSATTO, D. R.; ROTHER, D. C.; RUIZ-MIRANDA, C. R.; SAITER, F. Z.; SAMPAIO, M. B.; SANTANA, L. D.; SANTOS, J. S. dos; SARTORELLO, R.; SAZIMA, M.; SCHMITT, J. L.; SCHNEIDER, G.; SCHROEDER, B. G.; SEVEGNANI, L.; SILVA JÚNIOR, V. O.; SILVA, F. R. da; SILVA, M. J. da; SILVA, M. P. P.; SILVA, R. G.; SILVA, S. M.; SINGER, R. B.; SIQUEIRA, G.; SOARES, L. E.; SOUSA, H. C. de; SPIELMANN, A.; TONETTI, V. R.; TONIATO, M. T. Z.; ULGUIM, P. S. B.; VAN DEN BERG, C.; VAN DEN BERG, E.; VARASSIN, I. G.; SILVA, I. B. V. da; VIBRANS, A. C.; WAECHTER, J. L.; WEISSENBERG, E. W.; WINDISCH, P. G.; WOLOWSKI, M.; YAÑEZ, A.; YOSHIKAWA, V. N.; ZANDONÁ, L. R.; ZANELLA, C. M.; ZANIN, E. M.; ZAPPI, D. C.; ZIPPARRO, V. B.; ZORZANELLI, J. P. F.; RIBEIRO, M. C. Atlantic epiphytes: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest. Ecology, v. 100, n. 2, e02541, 2019. 59 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 11. | | OLIVEIRA, I. H. S. DE; GUARINO, E. de S. G.; MIURA, A. K.; BIERHALS, D. F.; CUNHA, H. N. DA; CRUZ, N. D. Avaliação de rendimento e termografia de carvão vegetal de Bambusa tuldóides. In: SIMPÓSIO SOBRE SISTEMAS SUSTENTÁVEIS, 5., 2019, Porto Alegre. Anais. Porto Alegre: GFM, 2019. p. 1319-1322.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 12. | | ALMEIDA, E. W. de; ÁVILA, B. P.; HENZEL, A. B. D.; GUARINO, E. de S. G. Avaliação do conhecimento e das percepções da população a partir de similaridade de grupos em relação ao consumo do pinhão, sistema produtivo e conservação da araucária. Cadernos de Agroecologia, v. 17, n. 3, 2022. Anais da Reunião Técnica sobre Agroecologia: Agroecologia, Resiliência e Bem Viver, 2021, Pelotas.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
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| 15. | | GOMES, G. C.; PILLON, C. N.; GUARINO, E. de S. G.; MIURA, A. K.; CUNHA, H. N. da; PEREIRA, I. dos S.; ÁVILA, M. R. de; SPIERING, V. Aves silvestres em agroecossistemas familiares no sul do Brasil: bases para a educação ambiental e uso sustentável da biodiversidade. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2022. 45 p. (Embrapa Clima Temperado. Documentos, 520). ODS 15.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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